Γενετική Ακολουθία και Δοκιμασία Κομμάτι εκπαίδευσης

Αυτή είναι μια πρακτική εργαστήριο, το οποίο θα σας εισάγει στα βασικά της βιοπληροφορικής. Ορίζεται για ανθρώπους με βασικό υπόβαθρο βιολογίας και γνώσεις στη μοριακή βιολογία, που θέλουν να μάθουν πώς να επεξεργάζονται και να δουλεύουν με βιολογικά δεδομένα χρησιμοποιώντας υπολογιστικά εργαλεία. Έχει σχεδιαστεί ειδικά για:

• Ερευνητές που δουλεύουν σε πειραματικά εργαστήρια με βιολογικά μακρομόρια, πρωτεΐνες, RNA και DNA.
• Επιστήμονες τους οποίους το βασικό τομέα εξειδίκευσής τους δεν είναι η βιολογία, αλλά χρειάζονται να αντιμετωπίζουν βιολογικά δεδομένα.
• Διευθυντές που εισάγουν νέα προϊόντα (π.χ. φάρμακα), οι οποίοι θέλουν να εξειδικεύονται στη σύγχρονη βιοπληροφορική.
• Προγραμματιστές υπολογιστών που θα γράψουν προγράμματα αντιμετώπισης βιολογικών μορίων.

Το μάθημα διαιρείται σε δύο μέρη: θεωρητικό και πρακτικό. Η διδασκαλία ενσωματώνει απλά πρακτικά ασκήματα, δοκιμαστικές ερωτήσεις και τεστ για να εξασφαλίζεται ότι οι συμμετέχοντες καταλαβαίνουν τους όρους.

Κατά τη διάρκεια της εκπαίδευσης, θα σας παρέχουμε μια καθοδηγημένη περιήγηση που καλύπτει όλες τις βασικές πτυχές της ανάλυσης βιολογικών δεδομένων. Αυτό το εργαστήριο αποτελεί μια αναλογική ευκαιρία να γνωρίσετε τη βιοπληροφορική και τους πολλούς της χαρακτήρες! Στο τέλος, θα είστε σε θέση να αντιμετωπίζετε οποιοδήποτε βασικό πρόβλημα βιοπληροφορικής: θα γνωρίζετε από πού να πάρετε τα απαιτούμενα δεδομένα, πώς να αποκτήσετε σχετικές πληροφορίες και πώς λειτουργούν τα βασικά λογισμικά και οι αλγόριθμοι. Ο στόχος μας είναι να ευνοήσετε την κατανόησή σας των βιολογικών δεδομένων.

Στο τέλος του μαθήματος θα είστε σε θέση να εργάζεστε με βιολογικά δεδομένα χρησιμοποιώντας εργαλεία βιοπληροφορικής.

Η Καλή Κλινική Πράξη (GCP) είναι ένα σύνολο καθοδηγήσεων για την κλινική Έρευνα που διεξάγεται σε ανθρώπινα υποκείμενα. Η GCP λειτουργεί ως το διεθνές πρότυπο για τη σχεδίαση, εφαρμογή, επίβλεψη, καταγραφή, ανάλυση και έκθεση κλινικών δοκιμών.

Σε αυτό το μεταδότη υποδοχής, οι συμμετέχοντες θα μάθουν τις πιο σημαντικές καθοδηγήσεις και τα βασικά αρχές που εφαρμόζονται στην Καλή Κλινική Πράξη (GCP) για κλινικές δοκίμες και έρευνες που αφορούν τα ανθρώπινα υποκείμενα. Αυτό το μάθημα παρέχει μια γενική εξέταση των διαφορετικών τομέων GCP, αλλά εστίαζει λίγο περισσότερο στην Καλή Κλινική Πράξη (GCP) με κέντρο της ICH για τις έρευνες φαρμάκων που διεξάγονται.

Στο τέλος αυτής της εκπαίδευσης, οι συμμετέχοντες θα μπορούν να:

• Καταλάβουν τα βασικά αρχές της GCP για φαρμακευτικές έρευνες και μεθοδικές προσεγγίσεις, όπως εξάγεται από τη Διεθνή Διάσκεψη για Ομοφώνια (ICH)
• Εφαρμόζουν τις καθοδηγήσεις που ορίζει η GCP στις κλινικές έρευνές και δοκίμες τους

Απευθύνεται σε:

• Κλινικούς ερευνητές
• Επαγγελματίες κλινικής έρευνας
• Επαγγελματίες υγείας και ιατρικού τομέα
• Υποστηρικτικό προσωπικό κλινικών δοκιμών
• Ερευνητές και υπαλλήλους ανάπτυξης

Μορφή του μαθήματος:

• Τμήμα διδασκαλίας, τμήμα συζήτησης, εξάσκησε και πολύς χειρονομικός έλεγχος

Τα μικροβιακά γενωμικά και τα μεταγενωμικά συνδυάζουν τεχνολογίες απόσπασης και υπολογιστική ανάλυση για να προφιλάξουν μικροβιακές κοινότητες, να χαρακτηρίσουν γενώματα και να ανιχνεύσουν λειτουργικά χαρακτηριστικά όπως η αντοχή σε αντιβιοτικά.

Αυτή η εκπαιδευτική διαδραστική, ζωντανή καλοδίδασκαλημένη εκπαίδευση (online ή onsite) απευθύνεται σε ερευνητές και βιοινφορματικούς που βρίσκονται σε αρχικό ως διαδραστικό επίπεδο και θέλουν να εκτελέσουν ανάλυση μεταγενωμικών δεδομένων.

Στο τέλος αυτής της εκπαίδευσης, οι συμμετέχοντες θα μπορούν να:

• Περιγράφουν κοινές εργασίες απόσπασης και κλειδικά δεδομένα που χρησιμοποιούνται στα μικροβιακά γενωμικά.
• Εκτελούν ελέγχους ποιότητας και προεπεξεργασία απόσπασης μωνοσήμαντων δεδομένων.
• Εκτελούν ταξινομητική προφίλ από χρήση συμβολοδοχών και μεθόδων k-mer.
• Συγκέντρωνουν και τοποθετούν μικροβιακά γενώματα και πλάσματα.
• Ανιχνεύουν SNP, χτίζουν φυληγονετικές δέντρα και ερμηνεύουν την πληθυσμιακή δομή.
• Προβλέπουν γονίδια αντοχής σε αντιβιοτικά και συγκεντρώνουν λειτουργικά προφίλ.
• Χρησιμοποιούν αναδρομικές εργασίες με το Conda, Docker και αναφορές βασισμένες σε notebook.

Μορφή του Μαθήματος

• Διδασκαλίες που εισάγουν όρια και εργαλεία (20%).
• Εξασκήσεις με τη δυνατότητα πρακτικής χρήσης δεδομένων (60%).
• Ανοιχτές συζητήσεις και εξαγόμενη ανάλυση ώστε να μπορούν οι συμμετέχοντες να εφαρμόσουν τα μεθόδους στα δεδομένά τους (20%).

Επιλογές Προσαρμογής Μαθήματος

• Για να κάνετε αίτηση για εργαστήριο που θα εστιάζει σε μεταγενωμικά κλινικά, περιβαλλοντικά ή βιομηχανικά, παρακαλώ επικοινωνήστε μαζί μας για τη διαμόρφωση.

Αυτή η επικουρική, ζωντανή εκπαίδευση σε Ελλάδα (online ή on-site) απευθύνεται σε επιστήμονες και οποιονδήποτε ενδιαφέρεται να μάθει τα βασικά στοιχεία της νανοεπιστήμης και των εφαρμογών της.

Στο τέλος αυτής της εκπαίδευσης, οι συμμετέχοντες θα είναι σε θέση να:

• Κατανοήσουν το πεδίο των νανοεπιστημών και των νανοτεχνολογιών.
• Διάκρινουν αυτά που βρίσκονται στη μικρή κλίμακα από αυτά που βρίσκονται στη μικροκλίμακα.
• Να γνωρίζουν τη θεωρία της μεταφοράς ηλεκτρόνων και ενέργειας.

Πρόκειται για ένα πρακτικό μάθημα, το οποίο δείχνει γιατί ο προγραμματισμός είναι ένα ισχυρό εργαλείο στο πλαίσιο της επίλυσης βιολογικών προβλημάτων. Κατά τη διάρκεια του μαθήματος οι συμμετέχοντες θα διδαχθούν τη γλώσσα προγραμματισμού Python, μια γλώσσα που θεωρείται ευρέως τόσο ισχυρή όσο και εύκολη στη χρήση. Αυτό το μάθημα μπορεί να θεωρηθεί ως μια επίδειξη πώς η βιοπληροφορική βελτιώνει τη ζωή των βιολόγων.

Το μάθημα έχει σχεδιαστεί και απευθύνεται σε άτομα χωρίς υπόβαθρο πληροφορικής που θέλουν να μάθουν να προγραμματίζουν.

Αυτό το μάθημα είναι κατάλληλο για:

• Ερευνητές που ασχολούνται με βιολογικά δεδομένα.
• Επιστήμονες που θα ήθελαν να μάθουν πώς να αυτοματοποιούν τις καθημερινές εργασίες και να αναλύουν δεδομένα.
• Διευθυντές που θέλουν να μάθουν πώς ο προγραμματισμός βελτιώνει τις ροές εργασίας και τη διεξαγωγή έργων.

Μέχρι το τέλος του μαθήματος, οι συμμετέχοντες θα μπορούν να γράφουν σύντομα προγράμματα, τα οποία θα τους επιτρέπουν να χειρίζονται, να αναλύουν και να αντιμετωπίζουν βιολογικά δεδομένα και να παρουσιάζουν αποτελέσματα σε γραφική μορφή.

Αυτός ο κούρσος στοχεύει να δώσει στους έρευνητές κατανόηση των αρχών της πιθανολογικής καταμέτρησης και ανάλυσης και τη σημασία τους για τη ζωή της ερεύνας σε μια ποικιλία επιστημονικών κλάδων.

Καλύπτει κάποιες πιθανότητες και στατιστικές μέθοδο, κυρίως μέσα από παραδείγματα. Αυτή η εκπαίδευση περιλαμβάνει γύρο 30% λекции, 70% καθοδηγημένων εξετάσεων και laboratoria.

Σε περίπτωση ολοκληρωμένου κούρσου, μπορούμε να σχεδιάσουμε τα παραδείγματα και τα υλικά για έναν ειδικό κλάδο (όπως δοκιμές ψυχολογίας, τον δημόσιο τομέα, βιολογία, γενετική ο.τ.λ...)

Σε περίπτωση δημόσιου κούρσου, χρησιμοποιούνται μεγάλα παραδείγματα.

Θα χρησιμοποιήσει διάφορο λογισμικό κατά τη διάρκεια αυτού του κούρσου (Microsoft Excel ως SPSS, Statgraphics ο.τ.λ...) αλλά η κύρια πρόσβαση είναι στην κατανόηση των αρχών και τη διαδικασία που χορηγεί στην έρευνα, λογική και συμπέρασμα.

Αυτός ο κούρσος μπορεί να παρουσιαστεί ως ενδυνάμωση, δηλαδή με σπουδαστές και ασκήσεις.