Ευχαριστούμε που στάλθηκε η αποσαφήνισή σας! Ένα μέλος της ομάδου μας θα επικοινωνήσει μαζί σας σύντομα.
Ευχαριστούμε για την εκδήλωση κράτησης! Ένας από τους συνεργάτες μας θα επικοινωνήσει μαζί σας σύντομα.
Εξέλιξη Κομματιού
Εισαγωγή στο AlphaFold & η Επίδρασή του στη Βιολογική Έρευνα
- Εξέλιξη της πρόβλεψης πρωτεϊνικών δομών: από τη μοντελοποίηση ομολογίας έως τις ανακαλύψεις βαθιάς μάθησης
- Ο ρόλος του AlphaFold στην επιτάχυνση της δομικής βιολογίας, της ανακάλυψης φαρμάκων και του λειτουργικού σχολιασμού
- Θέτοντας προσδοκίες: δυνατότητες, περιορισμοί και σημεία πειραματικής ενσωμάτωσης
- Πρακτική Άσκηση: Εξερεύνηση της διεπαφής της Βάσης Δεδομένων Πρωτεϊνικών Δομών AlphaFold (AFDB) και διεξαγωγή αρχικών αναζητήσεων ακολουθιών
Πώς Λειτουργεί το AlphaFold; Αρχιτεκτονική & Βασικά Συστατικά
- Αρχιτεκτονική νευρωνικού δικτύου: Evoformer, δομική μονάδα και μοντελοποίηση ακολουθιών βασισμένη στην προσοχή
- Δημιουργία Πολλαπλής Στοίχισης Ακολουθιών (MSA) και αντιστοίχιση προτύπων (PDB, UniRef, BFD)
- Μετρικές εμπιστοσύνης: επεξήγηση των pLDDT (εμπιστοσύνη ανά κατάλοιπο) και PAE (προβλεπόμενο σφάλμα ευθυγράμμισης)
- Πρακτική Άσκηση: Χαρτογράφηση των σταδίων ροής εργασίας του AlphaFold χρησιμοποιώντας μια δειγματική πρωτεϊνική ακολουθία και ανίχνευση των εισόδων MSA/προτύπου
Πρόσβαση στο AlphaFold: Πλατφόρμες, Notebooks & Ανάπτυξη
- Επίσημες επιλογές ανάπτυξης: AlphaFold DB, δημόσιο API, notebooks Colab και τοπικά/GPU περιβάλλοντα
- Ρύθμιση ενός αναπαραγώγιμου περιβάλλοντος Colab: εγκατάσταση εξαρτήσεων, κατανομή GPU και μορφοποίηση εισόδου
- Προετοιμασία πρωτεϊνικών ακολουθιών: δομή FASTA, χειρισμός αλυσίδων και πολυτομικές εκτιμήσεις
- Πρακτικό Εργαστήριο: Ανάπτυξη του επίσημου notebook AlphaFold στο Colab, ανέβασμα ενός προσαρμοσμένου FASTA και έναρξη της πρώτης εκτέλεσης πρόβλεψης
Βάση Δεδομένων Πρωτεϊνικών Δομών AlphaFold & Δημόσιοι Πόροι
- Περιήγηση στο AFDB: κάλυψη οργανισμών, ποιότητα δομών, μορφές λήψης (αρχεία PDB/mmCIF, μη χαλαρωμένα/pLDDt)
- Διασταύρωση του AFDB με τα UniProt, PDB και λειτουργικές βάσεις δεδομένων (GO, KEGG, CATH)
- Διαχείριση συνόλων δεδομένων μεγάλης κλίμακας: όρια μαζικών προβλέψεων, οδηγίες αναφοράς και αδειοδότηση δεδομένων
- Πρακτική Άσκηση: Εξαγωγή μοντέλων AFDB υψηλής εμπιστοσύνης για μια στοχευμένη οδό και προετοιμασία αρχείων για περαιτέρω ανάλυση
Ερμηνεία Προβλέψεων & Μετρικών Εμπιστοσύνης του AlphaFold
- Ανάγνωση θερμικών χαρτών pLDDT: αναγνώριση δομημένων πυρήνων, μη δομημένων περιοχών και περιοχών χαμηλής εμπιστοσύνης
- Αποκρυπτογράφηση μητρών PAE: ανίχνευση ορίων περιοχών, αλληλεπιδράσεων εντός/μεταξύ αλυσίδων και δυνητικών περιοχών λανθασμένης αναδίπλωσης
- Πότε οι προβλέψεις είναι αξιόπιστες: κάλυψη ακολουθίας, εξελικτικό βάθος και γνωστά δομικά ομόλογα
- Πρακτική Άσκηση: Αξιολόγηση των εξαγόμενων pLDDT/PAE για μια πολυτομική πρωτεΐνη, επισήμανση περιοχών χαμηλής εμπιστοσύνης και σχεδιασμός στόχων μεταλλαξιγένεσης/επικύρωσης
Ανοικτός Κώδικας AlphaFold & Διαδρομές Προσαρμογής
- Δομή αποθετηρίου: βασικές μονάδες, αγωγοί δεδομένων και αρχεία διαμόρφωσης
- Τροποποίηση εισόδων: προσαρμοσμένα MSA, παρακάμψεις προτύπων και προσαρμογές κατωφλίων εμπιστοσύνης
- Βελτιστοποίηση απόδοσης: μείωση χρόνου εκτέλεσης, διαχείριση μνήμης και αποθήκευση σημείων ελέγχου
- Πρακτικό Εργαστήριο: Εκτέλεση ενός τροποποιημένου αγωγού AlphaFold στο Colab με έναν προσαρμοσμένο περιορισμό προτύπου και εξαγωγή βελτιωμένων αρχείων PDB
Περιπτώσεις Χρήσης του AlphaFold στη Βιολογική Έρευνα & Πειραματική Ενσωμάτωση
- Καθοδήγηση μεταλλαξιγένεσης, κρυστάλλωσης και σχεδιασμού πλέγματος cryo-EM χρησιμοποιώντας προβλεπόμενα μοντέλα
- Λειτουργικός σχολιασμός: χαρτογράφηση ενεργού κέντρου, προετοιμασία πρόσδεσης συνδέτη και πρόβλεψη διεπαφών
- Περιορισμοί & επαλήθευση: πότε να εμπιστεύεστε τις προβλέψεις, πότε να επικυρώνετε πειραματικά και συχνές παγίδες
- Εργαστήριο: Σχεδιασμός ροής εργασίας πειραματικής επικύρωσης για μια προβλεπόμενη δομή και αντιστοίχιση των εξαγόμενων της ΤΝ σε δοκιμασίες υγρού εργαστηρίου
Περίληψη, Εφαρμογή Κορωνίδας & Επόμενα Βήματα
- Ενοποίηση βασικών εννοιών: αρχιτεκτονική, ερμηνεία και πρακτική ανάπτυξη
- Κορωνίδα: Οι συμμετέχοντες επιλέγουν μια πρωτεΐνη ενδιαφέροντος, εκτελούν/ανακτούν μια πρόβλεψη, ερμηνεύουν τις μετρικές εμπιστοσύνης και περιγράφουν ένα σχέδιο ερευνητικής εφαρμογής
- Ανοιχτές Ερωτήσεις & Απαντήσεις, αντιμετώπιση συνηθισμένων σφαλμάτων και διανομή πόρων
- Επόμενα βήματα: προηγμένη ενσωμάτωση AlphaFold3, RoseTTAFold, trRosetta και τρέχοντα κοινοτικά εργαλεία
Απαιτήσεις
- Υπόβαθρο και κατανόηση των πρωτεϊνικών δομών
- Συνιστάται εξοικείωση με βασικές έννοιες μοριακής βιολογίας (ακολουθίες αμινοξέων, αρχές αναδίπλωσης, μορφές PDB/mmCIF)
- Άνετη πλοήγηση σε διαδικτυακά notebooks και εκτέλεση κελιών κώδικα σε πρόγραμμα περιήγησης
Ακροατήριο
- Βιολόγοι, ερευνητές μοριακής βιολογίας και ερευνητές δομικής βιολογίας
- Πειραματικοί επιστήμονες που αναζητούν υπολογιστικές προβλέψεις δομών για να καθοδηγήσουν τις ροές εργασίας υγρού εργαστηρίου
- Επαγγελματίες των βιοεπιστημών που ενσωματώνουν μοντελοποίηση με καθοδήγηση ΤΝ στη δημιουργία υποθέσεων και στον πειραματικό σχεδιασμό
7 Ώρες
