Εισαγωγή στη Μικροβιαλή Γενομική και τη Μεταγενόμικη Κομμάτι εκπαίδευσης

Εισαγωγή στη Γενομική και την Μεταγενομική των Μικροοργανισμών

• Περίληψη της γενομικής και μεταγενομικής των μικροοργανισμών
• Τεχνολογίες αποδοχής και συνηθείς σχεδιασμοί μελετών
• Βασικά διατυπώματα αρχείων και οργάνωση δεδομένων

Έλεγχος Ποιότητας και Προεπεξεργασία

• Αξιολόγηση ποιότητας αναγνώσεων και τρίμμα
• Αφαίρεση φυλής-χοστ και έλεγχος ρύπανσης
• Νορμαλισμός αναγνώσεων και παράκτιες συζητήσεις

Μεθόδοι Ταξινομικής Προφίλ

• Ταξινομική προφίλ με MetaPhlAn
• Μέθοδοι κ-mer και κατηγοριοποίησης με Kraken2 και Bracken
• Σύγκριση εξόδων προφίλ και απεικόνιση

Συνέλευση Μεταγενώματος και Κάτοχοι (σύνοψη)

• Στρατηγικές συνέλευσης και χρήση SPAdes
• Επικεφαλίδες κάτοχων και συνηθισμένα εργαλεία (σύντομη)
• Αξιολόγηση ποιότητας και τελειότητας συνέλευσης

Ανάθεση Γενώματος και MLST

• Ανάθεση γενωμάτων με Prokka
• Εκτέλεση MLST και ερμηνεία τύπων ακολουθιών
• Δημιουργία αναφορών για τη μοιράσματος των αποτελεσμάτων

Κλήση SNP και Φυλογενεικές Μέθοδοι

• Προσαρμοστικές ρουτίνες κλήσης SNP με Snippy
• Δημιουργία φυλογενεικών δένδρων με IQ-TREE
• Απεικόνιση και ερμηνεία δέντρου με iTOL

Αντοχή σε αντιβιοτικά και Συναρτησιακή Προφίλ

• Ανίχνευση γενών αντοχής σε αντιβιοτικά με AMRFinderPlus, CARD και ResFinder
• Συναρτησιακή προφίλ και αποζημιωτικές σύνδεσης
• Αναφορά αντοχής και συναρτησιακών επισημαντικών διαθέσεων

Επαναδιαμορφώσεις Ρουτίνες και Καλύτερες Πρακτικές

• Χρήση Conda, Docker και προτύπων ρουτίνων για επαναδιαμορφώσεις
• Διαχείριση δεδομένων, πρότυπα μεταδεδομένων και αρχές FAIR
• Κλίμακα ανάλυσης με γιούνγκ χώρου και βιβλία σημειωμάτων

Σπουδές περιπτώσεων και Χειρονομήτες Εργαστήρια

• Ανάλυση αποκοπών 16S/18S από ανέφικτες διαβαθμίσεις μέχρι τεχνική πίνακα
• Μεταγενομική προφίλ και συγκριτική ανάλυση μεταξύ δεδομένων
• Συνέλευση γενώματος, ανάθεση, SNP φυλογενεική και αναφορά αντοχής σε αντιβιοτικά

Περίληψη και Επόμενα Βήματα