Εκπαίδευση Microbial Genomics στην Ελλάδα

Τα μικροβιακά γενωμικά και τα μεταγενωμικά συνδυάζουν τεχνολογίες απόσπασης και υπολογιστική ανάλυση για να προφιλάξουν μικροβιακές κοινότητες, να χαρακτηρίσουν γενώματα και να ανιχνεύσουν λειτουργικά χαρακτηριστικά όπως η αντοχή σε αντιβιοτικά.

Αυτή η εκπαιδευτική διαδραστική, ζωντανή καλοδίδασκαλημένη εκπαίδευση (online ή onsite) απευθύνεται σε ερευνητές και βιοινφορματικούς που βρίσκονται σε αρχικό ως διαδραστικό επίπεδο και θέλουν να εκτελέσουν ανάλυση μεταγενωμικών δεδομένων.

Στο τέλος αυτής της εκπαίδευσης, οι συμμετέχοντες θα μπορούν να:

• Περιγράφουν κοινές εργασίες απόσπασης και κλειδικά δεδομένα που χρησιμοποιούνται στα μικροβιακά γενωμικά.
• Εκτελούν ελέγχους ποιότητας και προεπεξεργασία απόσπασης μωνοσήμαντων δεδομένων.
• Εκτελούν ταξινομητική προφίλ από χρήση συμβολοδοχών και μεθόδων k-mer.
• Συγκέντρωνουν και τοποθετούν μικροβιακά γενώματα και πλάσματα.
• Ανιχνεύουν SNP, χτίζουν φυληγονετικές δέντρα και ερμηνεύουν την πληθυσμιακή δομή.
• Προβλέπουν γονίδια αντοχής σε αντιβιοτικά και συγκεντρώνουν λειτουργικά προφίλ.
• Χρησιμοποιούν αναδρομικές εργασίες με το Conda, Docker και αναφορές βασισμένες σε notebook.

Μορφή του Μαθήματος

• Διδασκαλίες που εισάγουν όρια και εργαλεία (20%).
• Εξασκήσεις με τη δυνατότητα πρακτικής χρήσης δεδομένων (60%).
• Ανοιχτές συζητήσεις και εξαγόμενη ανάλυση ώστε να μπορούν οι συμμετέχοντες να εφαρμόσουν τα μεθόδους στα δεδομένά τους (20%).

Επιλογές Προσαρμογής Μαθήματος

• Για να κάνετε αίτηση για εργαστήριο που θα εστιάζει σε μεταγενωμικά κλινικά, περιβαλλοντικά ή βιομηχανικά, παρακαλώ επικοινωνήστε μαζί μας για τη διαμόρφωση.