Thank you for sending your enquiry! One of our team members will contact you shortly.
Thank you for sending your booking! One of our team members will contact you shortly.
Course Outline
I. Εισαγωγή και προκαταρκτικά
1. Επισκόπηση
- Κάνοντας το R πιο φιλικό, το R και τα διαθέσιμα GUI
- Rstudio
- Σχετικό λογισμικό και τεκμηρίωση
- R και στατιστικά
- Χρησιμοποιώντας το R διαδραστικά
- Μια εισαγωγική συνεδρία
- Λήψη βοήθειας με λειτουργίες και δυνατότητες
- Εντολές R, ευαισθησία πεζών-κεφαλαίων κ.λπ.
- Ανάκληση και διόρθωση προηγούμενων εντολών
- Εκτέλεση εντολών από ή εκτροπή εξόδου σε αρχείο
- Μονιμότητα δεδομένων και αφαίρεση αντικειμένων
- GoΠρακτική προγραμματισμού: Αυτοδύναμα σενάρια, καλή αναγνωσιμότητα π.χ. δομημένα σενάρια, τεκμηρίωση, σήμανση
- εγκατάσταση πακέτων? CRAN και Bio αγωγός
2. Ανάγνωση δεδομένων
- Αρχεία Txt (read.delim)
- Αρχεία CSV
3. Απλοί χειρισμοί. αριθμοί και διανύσματα + πίνακες
- Διανύσματα και ανάθεση
- Διάνυσμα αριθμητική
- Δημιουργία κανονικών ακολουθιών
- Λογικά διανύσματα
- Λείπουν αξίες
- Διανύσματα χαρακτήρων
- Διανύσματα ευρετηρίου; επιλογή και τροποποίηση υποσυνόλων ενός συνόλου δεδομένων
- Πίνακες
- Ευρετηρίαση πίνακα. Υποτμήματα ενός πίνακα
- Πίνακες ευρετηρίου
- Η συνάρτηση array() + απλές πράξεις σε πίνακες π.χ. πολλαπλασιασμός, μεταφορά
- Άλλοι τύποι αντικειμένων
4. Λίστες και πλαίσια δεδομένων
- Κονίστρα
- Κατασκευή και τροποποίηση λιστών
- Συνδέοντας λίστες
- Πλαίσια δεδομένων
- Δημιουργία πλαισίων δεδομένων
- Εργασία με πλαίσια δεδομένων
- Επισύναψη αυθαίρετων λιστών
- Διαχείριση της διαδρομής αναζήτησης
5. Χειρισμός δεδομένων
- Επιλογή, υποσύνολο παρατηρήσεων και μεταβλητών
- Φιλτράρισμα, ομαδοποίηση
- Κωδικοποίηση, μεταμορφώσεις
- Συνάθροιση, που συνδυάζει σύνολα δεδομένων
- Σχηματισμός διαμερισμένων πινάκων, cbind() και rbind()
- Η συνάρτηση συνένωσης, (), με πίνακες
- Χειρισμός χαρακτήρων, πακέτο stringr
- σύντομη εισαγωγή στο grep και το regexpr
6. Περισσότερα για την Ανάγνωση δεδομένων
- Αρχεία XLS, XLSX
- πακέτα readr και readxl
- SPSS, SAS, Stata,… και δεδομένα άλλων μορφών
- Εξαγωγή δεδομένων σε txt, csv και άλλες μορφές
6. Ομαδοποίηση, βρόχοι και εκτέλεση υπό όρους
- Ομαδοποιημένες εκφράσεις
- Δηλώσεις ελέγχου
- Εκτέλεση υπό όρους: εάν δηλώσεις
- Επαναλαμβανόμενη εκτέλεση: για βρόχους, επανάληψη και ενώ
- εισαγωγή στην εφαρμογή, εφαρμογή, εφαρμογή, εφαρμογή
7. Λειτουργίες
- Δημιουργία συναρτήσεων
- Προαιρετικά ορίσματα και προεπιλεγμένες τιμές
- Μεταβλητός αριθμός ορισμάτων
- Πεδίο εφαρμογής και οι συνέπειές του
8. Απλά γραφικά στο R
- Δημιουργία Γραφήματος
- Οικόπεδα Πυκνότητας
- Οικόπεδα με τελείες
- Οικόπεδα μπαρ
- Γραμμικά γραφήματα
- Διαγράμματα πίτας
- Κουτιά
- Οικόπεδα Scatter
- Συνδυασμός Οικόπεδων
II. Στατιστική ανάλυση στο R
1. Κατανομές πιθανοτήτων
- R ως σύνολο στατιστικών πινάκων
- Εξέταση της κατανομής ενός συνόλου δεδομένων
2. Έλεγχος Υποθέσεων
- Δοκιμές για μέσο όρο πληθυσμού
- Δοκιμή αναλογίας πιθανοτήτων
- Δοκιμές ενός και δύο δειγμάτων
- Τεστ Chi-Square Goodness-of-fit
- Στατιστική ενός δείγματος Kolmogorov-Smirnov
- Wilcoxon Signed-Rank Test
- Δοκιμή δύο δειγμάτων
- Wilcoxon Rank Sum Test
- Τεστ Mann-Whitney
- Δοκιμή Kolmogorov-Smirnov
3. Πολλαπλός Έλεγχος Υποθέσεων
- Σφάλμα τύπου I και FDR
- Καμπύλες ROC και AUC
- Πολλαπλές διαδικασίες δοκιμών (BH, Bonferroni κ.λπ.)
4. Μοντέλα γραμμικής παλινδρόμησης
- Γενικές λειτουργίες για την εξαγωγή πληροφοριών μοντέλου
- Ενημέρωση τοποθετημένων μοντέλων
- Γενικευμένα γραμμικά μοντέλα
- Οικογένειες
- Η συνάρτηση glm().
- Ταξινόμηση
- Logistic Regression
- Γραμμική Διακριτική Ανάλυση
- Εκμάθηση χωρίς επίβλεψη
- Ανάλυση βασικών εξαρτημάτων
- Μέθοδοι ομαδοποίησης (k-means, ιεραρχική ομαδοποίηση, k-medoids)
5. Ανάλυση επιβίωσης (πακέτο επιβίωσης)
- Αντικείμενα επιβίωσης στο r
- Εκτίμηση Kaplan-Meier, log-rank test, παραμετρική παλινδρόμηση
- Ζώνες εμπιστοσύνης
- Λογοκριμένη (διαστημική λογοκρισία) ανάλυση δεδομένων
- Μοντέλα Cox PH, σταθερές συμμεταβλητές
- Μοντέλα Cox PH, χρονικά εξαρτώμενες συμμεταβλητές
- Προσομοίωση: Σύγκριση μοντέλων (Σύγκριση μοντέλων παλινδρόμησης)
6. Ανάλυση Διακύμανσης
- Μονόδρομη ANOVA
- Αμφίδρομη Ταξινόμηση ANOVA
- ΜΑΝΟΒΑ
III. Εργασμένα προβλήματα στη βιοπληροφορική
- Σύντομη εισαγωγή στο πακέτο limma
- Ροή εργασιών ανάλυσης δεδομένων μικροσυστοιχίας
- Λήψη δεδομένων από το GEO: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE1397
- Επεξεργασία δεδομένων (QC, κανονικοποίηση, διαφορική έκφραση)
- Οικόπεδο ηφαιστείου
- Παραδείγματα Custering + θερμικοί χάρτες
28 Hours
Testimonials (5)
how the trainor shows his knowledge in the subject he's teachign
john ernesto ii fernandez - Philippine AXA Life Insurance Corporation
Course - Data Vault: Building a Scalable Data Warehouse
Very useful in because it helps me understand what we can do with the data in our context. It will also help me
Nicolas NEMORIN - Adecco Groupe France
Course - KNIME Analytics Platform for BI
I genuinely enjoyed the hands passed exercises.
Yunfa Zhu - Environmental and Climate Change Canada
Course - Foundation R
The pace was just right and the relaxed atmosphere made candidates feel at ease to ask questions.
Rhian Hughes - Public Health Wales NHS Trust
Course - Introduction to Data Visualization with Tidyverse and R
Richard's training style kept it interesting, the real world examples used helped to drive the concepts home.
